ناپایداری منابع مالی مؤسسات خیریه به بودجه های دولتی یا بنگاههای اقتصادی پایدار،چالش مهم مؤسسات خیریه است.
این مهم اصل برنامه ریزی منسجم را با مشکل مواجه می سازد.،زیرا ارائه خدمات و انجام تکالیف پذیرفته شده .و اجرای تعهدات و حمایت های وعده داده شده این مؤسسات به جامعه هدف آنها که از اقشار آسیب پذیر جامعه می باشند. را با تنگنا و ناکامی مواجه می سازد.
زیرا مؤسسات خیریه آخرین پایگاهی هستند که اقشار آسیب پذیر به امید دریافت کمک و مساعدت به آنها مراجعه می نمایند.
بخش مهم منابع مالی مؤسسات خیریه توسط نیکوکاران و خیرین،اعضاء تشکل ها و حامیان آنها و یا از طریق نذورات و خیرات و صدقات مردم عادی تامین می شود. که جملگی به توان اقتصادی و درآمدهای معمول این بزرگواران و حامیان وابسته است.
پر واضح است زمانی که یک نیکوکار و اهل خیر به هر دلیل با کاهش و کمبود درآمد مواجه می شود. کمک های پرداختی وی به مؤسسات خیریه کاهش می یابد. یا قطع می گردد ،طبیعی است که مؤسسات خیریه نیز نمی توانند و شایسته نیست. که مشابه طلبکاران عمل نمایند و درخواست دریافت کمک خود و مساعدت به خود را تکرار و اصرار نمایند.
نتیجه چنین فرآیندی کاهش ارائه خدمات این مؤسسات به اقشار آسیب پذیر و نیازمند جامعه می باشد. که این خود می تواند باعث نارضایتی و بروز چالش های اجتماعی دیگر شود.
اینجا است که نقش و جایگاه استراتژیک سیاست گذاری کلان ملی دولت مطرح می شود. که بایستی در چنین شرایطی به یاری این مؤسسات بشتابد.،تا چرخه کمک رسانی قطع نگردد.
